ברשויות רבות ההפעלה מתבצעת ע"י מפעילים חיצוניים או זרוע ביצועית של הרשות, אולם בכל מצב הרשות אחראית לקיום תנאי הקול הקורא ונדרשת לכלול את הכנסות ההורים בספריה:
> בחלוקה בין ניצנים לבין ניצנים בחופשה
> בחלוקה לשנות לימוד.

להלן ציטוט מהקול הקורא:
עפ"י קול קורא ניצנים, סעיף ה.3 :

" על הרשות לנהל את חשבונות התכנית בקבוצת כרטיסי חשבון נפרדת בהם יירשמו כל הכנסות והוצאות הרשות בתכנית, בחלוקה לפי שנות לימודים ובהתאם לכללי הדיווח המצורפים כנספח 8 זאת גם במקרים בהם הגביה בפועל נעשית ע"י גורם אחר. למען הסר ספק מובהר, כי על הרשות לנהל משק כספים סגור בכל בנוגע להוצאות והכנסות בהפעלת תכנית ניצנים" .

עפ"י נספח 8 המצורף לקול קורא בפרק "רישום בספרי הרשות":

" על הרשות לנהל את חשבונות התכנית בקבוצת כרטיסי חשבון נפרדת בהם תרשמנה כל ההכנסות וכל ההוצאות בביצוע התכנית, בחלוקה לפי שנות לימודים, ועל פי המתחייב מהקבוע בפקודת העיריות, בפקודת המועצות המקומיות, בצווי המועצות המקומיות ובהנחיות לרישום ולדיווח של משרד הפנים"

אסמכתאות מבוססות לרישום בספרים:

הבעיה: מגבלה בשלמות ובנגישות המידע.
גננות עובדות מדינה למשל, אשר מבוצע רישום מקביל הכנסה והוצאה והרשות מתבססת על מערכת מית"ר משרד החינוך. בפרויקט ניצנים נדרשת הרשות להסתמך על מידע שכלול בספרים חשבונות של אחר.
מאחר ולא קיימת הנחייה לגבי פורמט או אסמכתא נדרשת. הגזבר יפעל ע"פ שיקול דעתו המקצועי. מומלץ להיוועץ עם רו"ח המבקר ברשות או עם היועץ המשפטי לרשות. מצורפת אסמכתא מוצעת הצהרת גוף גובה.

בעניין דומה, אך שונה: רשתות חינוך המפעילות מוסדות על יסודי בתחום הרשות המקומית, פורסמה חוות דעת של משרד הפנים מיום 25/09/17 לפיה אין להכליל הכנסות חינוך שנגבו ע"י אחרים.

"ההכנסות המתקבלות בבית הספר אינן הכנסות של הרשות המקומית וההוצאות המשולמות על ידי בית הספר אינן הוצאות של הרשות המקומית. הן לא נגבות על ידי הרשות המקומית והן לא משולמות על מקופת הרשות המקומית. לפיכך, אין לרשום בספרי הרשות המקומית את ההכנסות וההוצאות של בית הספר".