רשם העמותות הורה כללים ספצייפים לעמותות מיוחדות בהתאם למהותן:

עמותה שמטרתה העיקרית הינה הקמה ו/או ניהול והפעלת בית כנסת

לאור ריבוי תביעות ועימותים בין מתפללים בבתי כנסת לגבי בעלות וזיקת בעלות בעמותות, ומשראה רשם העמותות שהנושא פרוץ וקבע שורה של כללים. כל הכללים רלוונטיים בין אם כמטרה יחידה ובין אם כאחת המטרות המיועדות לעמותה.
שם העמותה – יש להוסיף לשם המוצע את שם הישוב בו קיים או יקום בית הכנסת.
כתובת העמותה המייסדים ירשמו ככתובת העמותה את הכתובת בה מתנהל בית הכנסת. (כמען למכתבים יוסיפו את מספר תיבת דואר של העמותה או כתובת מפורטת אצל אחד החברים).
תצהיר התומך בבקשה לרישום עמותה יש לתמוך את הבקשה לרישום בית כנסת כעמותה בתצהיר שיוגש ע"י כל המייסדים, ובו יענו על השאלות הבאות:

• האם בית הכנסת כבר קיים או שבכוונת העמותה להקים בית כנסת חדש?
• האם בית הכנסת רשום או היה רשום כתאגיד אחר? אם כן מהו סוג התאגיד ומה מספרו?
• האם יש גוף אחר או אנשים אחרים, המנהלים כיום או ניהלו בעבר או הדורשים לנהל את ביה"כ?
• האם רשומים נכסים או זכויות בנכסים על שם בית הכנסת, ואם כן מהם וכיצד הם רשומים?
• האם מתנהל בית כנסת נוסף במקום בו פועל או עתיד לפעול בית הכנסת נשוא הבקשה?
• יש לציין בבקשת הרישום מיהו בעל הזכות על הקרקע עליה מתעתדים להקים את ביהכ.

נדרשת אסיפה שאליה הוזמנו כל המתפללים! רלוונטי בבקשה לרישום בית כנסת קיים, שהתנהל בעבר, מבלי שנוסדה עמותה. מדובר בביה"כ אשר איננו שייך לגוף או תאגיד אחר ימציאו המייסדים בנוסף לנ"ל, פרוטוקול מהחלטות האסיפה הכללית של מתפללי בית הכנסת, חברי הועד שיבחרו ירשמו כמייסדי העמותה, ויטפלו בהליך הרישום ופתיחת העמותה ברשם העמותות. לאחר רישומה, יקיימו הליך פרטני של קבלת המתפללים המעוניינים בכך כחברים בעמותה בהתאם לתקנונה. יש לציין בפרוטוקול פירוט הנוכחים באסיפה וכן את מספר המתפללים הכולל בבית הכנסת.

עמותה להצלת חיים

על מנת למנוע ספקות בנוגע לשימוש בנכסים ובכספים שנותרו בעמותה שמטרתה להציל חולה, לאחר שהחולה התרפא – ממליץ רשם העמותות להוסיף במטרות עמותה שמטרת העמותה הינה הצלת חולה מסוים וכן חולים נוספים החולים באותה מחלה. יישום המלצה זו, תקל על העמותה לקבל אישור לפי סעיף 46 לפקודת מס הכנסה, לעניין תרומות.

עמותה לקבוצות רכישה

על עמותה זו לאמץ תקנון שניסח משרד הבינוי והשיכון.

עמותה עירונית ועמותה מעין עירונית

הקמת העמותה דורשת אישור משרד הפנים ולא תאושר הקמת עמותה נוספת ברשות עם מטרות דומות. עמותה עירונית הינה בבעלות %50 ואינה נדרשת לוועדת תמיכות או מכרזים בינה לבין העירייה. עמותה מעין עירונית הינה בבעלות של פחות מ %50 ועל מנת לבצע פעילות עמה נדרשת הרשות לביצוע מכרז, ועדת תמיכות וכן הלאה, (בתנאים מסוימים עמותה מעין עירונית בהחזקה של מעל %40 אינה מחוייבת מכרז).

תשומת לב קטנה לנייר המכתבים של העמותה – מונע ליקוי בביקורת עומק:

הוראות חוק העמותות קובעות כי על עמותה להשתמש בשמה המלא כפי שהוא מופיע בתעודת הרישום, ללא כל השמטות או תוספות. שם העמותה צריך להופיע על כל מסמך, שילוט או פרסום היוצא מטעם העמותה בהתאם לדרישה זו. אסור לעמותה להשתמש בשמות חלופיים במסגרת קידום פרויקטים שונים.
בסיום שם העמותה יש להוסיף "(ע"ר)" או "עמותה" או "עמותה רשומה".
עמותה רשאית, לכלול את שמה ללא ציון ע"ר בלוגו, ולעצב את הלוגו כרצונה, כל עוד אין בכך הטעיה, ובלבד ששם העמותה במלואו יצוין בכל מסמך של העמותה ללא קשר ללוגו. במקרה דנן יש לוודא שבנייר המכתבים של העמותה שם העמותה המלא מופיע בצורה ברורה ובולטת על גבי המסמך. כך לדוגמא יש להימנע ממצב שבו שם העמותה קטן ושולי ביחס ללוגו.