המשלם את האגרה השנתית לרשם העמותות עד ליום 31.3.2018 זכאי לתשלום אגרה מופחת בסך של 1,303 ₪ לאחר מכן, יש לשלם אגרה בתעריף רגיל, בסך של 1,592 ₪.

את התשלום ניתן לבצע באמצעות השובר שמקבלות העמותות בימים אלו בדואר, או באתר אינטרנט של רשם העמותות
יש לשמור את הקבלה ולהגישה לרשם העמותות עם הבקשה לקבלת אישור ניהול תקין לשנת 2018.
עמותה שמחזורה נמוך מ-300,000 ש"ח ואינה משלמת שכר – רשאית להצהיר על כך ולקבל פטור, ההצהרה נדרשת באישור עורך דין. יחד עם זאת רשם העמותות מתייחס לתשלום של עד 2,000 ₪ במצטבר לחודש, לצורך פעילות הנלווית לפעילות העיקרית של העמותה, כתשלום זניח שאינו עולה כדי תשלום שכר. כך למשל, עמותות המשלמות תשלום של עד 2,000 ₪ לחודש עבור שירותי ניקיון עדיין היינה זכאיות לפטור מתשלום אגרה. כמו"כ תשלום לגוף מבקר או לרו"ח לצורך עריכת דוח כספי או תשלום גמול לחברי מוסדות העמותה בהתאם לתקנות לא יובא בחשבון כתשלום שכר לעניין הפטור מאגרה.
ככל שהעמותה הצהירה על התנאים המזכים לפטור, וחלו שינויים במהלך השנה, כך שאינה זכאית יותר – על העמותה למסור דיווח לרשם ולשלם את האגרה.